Smacoviridae

Smacoviridae
Smacoviridae
Systematik
Klassifikation: Viren Realm: Monodnaviria[1] Reich: Shotokuvirae[1] Phylum: Cressdnaviricota[1] Klasse: Arfiviricetes[1] Ordnung: Cremevirales[1] Familie: Smacoviridae
Taxonomische Merkmale
Genom: (-)ssDNA zirkulär Baltimore: Gruppe 2 Symmetrie: ikosaedrisch Hülle: keine
Wissenschaftlicher Name
Smacoviridae
Links
ICTV Taxon History: 201905993 NCBI Taxonomy: 2169574 ViralZone (Expasy, SIB): 8416

Smacoviridae ist die Bezeichnung einer Familie von Einzelstrang-DNA-Viren. Das Genom vom Mitgliedern dieser Familie ist zirkulär und klein – die Länge beträgt etwa 2,3–2,8 kb (Kilobasen). Das Genom kodiert für ein Rolling-Circle-Replikationsinitiationsprotein (Rep) und familienspezifische Kapsidproteine.^[2] Derzeit (Stand Ende März 2021) sind sechs Gattungen in dieser Familie vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) anerkannt.^[3] Die Viren in diesem Taxon wurden durch Metagenomanalysen aus Fäkalproben von Insekten und Wirbeltieren identifiziert. Über ihre Biologie ist wenig bekannt.

Die Smacoviridae haben ein nicht-segmentiertes, zirkuläres Einzelstrang-Genom mit einer Länge von 2,3–2,8 kb (Kilobasen). Das Genom kodiert für sechs Proteine, darunter ein Replikator (Rep) und ein Kapsidprotein (CP).^[6][2]

Die Systematik der Familie ist mit Stand Mai/Juni 2024 wie folgt:^[3][7]

Familie Smacoviridae

• Gattung Babosmacovirus
  • Spezies Babosmacovirus babas1 mit Papio cynocephalus associated smacovirus

• Gattung Bonzesmacovirus (abgetrennt von Gattung Huchismacovirus)
  • Spezies Bonzesmacovirus bovas1 (früher Bovine associated huchismacovirus 1) mit Bovine faeces associated smacovirus 1
  • Spezies Bonzesmacovirus camas1 mit Smacoviridae CM13_Smaco

• Gattung Bostasmacovirus (abgetrennt von Gattung Huchismacovirus)
  • Spezies Bostasmacovirus bovas1 (früher Bovine associated huchismacovirus 2) mit Bovine faeces associated smacovirus 6

• Gattung Bovismacovirus
  • Spezies Bovismacovirus bovas1 (früher Bovine associated bovismacovirus 1) mit Circoviridae bovine stool/BK/KOR/2011
  • Spezies Bovismacovirus bovas2 (früher Bovine associated bovismacovirus 2) mit Bovine faeces associated smacovirus 3
  • Spezies Bovismacovirus bovas3 mit Genomoviridae sp. C021765
  • Spezies Bovismacovirus cervi1 mit CRESS virus sp. UJSL004
  • Spezies Bovismacovirus draga1 (früher Dragonfly associated bovismacovirus 1) mit Odonata-associated circular virus 21
  • Spezies Bovismacovirus equid1 mit Smacoviridae sp. 215Smaco-1
  • Spezies Bovismacovirus equid2 mit Smacoviridae D33_Smaco_3

• Gattung Cosmacovirus
  • Spezies Cosmacovirus bovas1 (früher Bovine associated cosmacovirus 1) mit Bovine faeces associated smacovirus 4

• Gattung Dragsmacovirus
  • Spezies Dragsmacovirus budor1 mit Smacoviridae sp. 132Smaco-3
  • Spezies Dragsmacovirus cervi1 mit Smacoviridae sp. 195Smaco
  • Spezies Dragsmacovirus draga1 (früher Dragonfly associated dragsmacovirus 1) mit Odonata-associated circular virus 5

• Gattung Drosmacovirus
  • Spezies Drosmacovirus bovas1 (früher Bovine associated drosmacovirus 1) mit Bovine faeces associated smacovirus 5
  • Spezies Drosmacovirus camas1 (früher Camel associated drosmacovirus 1) mit Dromedary stool-associated circular ssDNA virus c1359
  • Spezies Drosmacovirus camas2 (früher Camel associated drosmacovirus 2) mit Dromedary stool-associated circular ssDNA virus c1330
  • Spezies Drosmacovirus camas3 mit Smacoviridae sp. 190Smaco
  • Spezies Drosmacovirus cervi1 mit Smacoviridae sp. 195Smaco
  • Spezies Drosmacovirus kobus1 mit Smacoviridae sp. 180Smaco
  • Spezies Drosmacovirus macro1 mit Smacoviridae sp. 172Smaco
  • Spezies „Pig stool associated circular ssDNA virus“ (Vorschlag)

• Gattung Felismacovirus (23 Spezies)
  • Spezies Felismacovirus avias1 mit Smacoviridae sp. w3chi091cir5
  • Spezies Felismacovirus avias2 mit Smacoviridae sp. w3chi090cir1
  • Spezies Felismacovirus babas1 mit Papio kindae associated smacovirus 1/ZM09-64 alias Papio kindae associated smacovirus^[8] Papio kindae associated smacovirus-like virus 1 (PkSmV1)^[5][9]
  • Spezies Felismacovirus canid1 mit Raccoon dog stool-associated smacovirus 3 CJY6
  • Spezies Felismacovirus cervi1 mit Smacoviridae sp. 198Smaco
  • Spezies Felismacovirus chicas1 mit Cressdnaviricota sp. Y02-smal-02
  • Spezies Felismacovirus chicas2 mit Chicken virus mg5_1345
  • Spezies Felismacovirus chicas3 mit Chicken virus mg6_1197
  • Spezies Felismacovirus lynas1 (erste Art der Gattung) mit Lynx rufus smacovirus 1
  • Spezies Felismacovirus macas1 mit Unidentified circular ssDNA virus cg5862
  • Spezies Felismacovirus macro1 Smacoviridae sp. 167Smaco-2
  • Spezies Felismacovirus porci1 mit CRESS virus sp. 17489x95_4644
  • Spezies Felismacovirus porci2 mit CRESS virus sp. 17668x41_1812
  • Spezies Felismacovirus porci3 mit CRESS virus sp. 17499x9_1430
  • Spezies Felismacovirus porci4 mit Pig stool associated circular ssDNA virus GER2011
  • Spezies Felismacovirus porci5 mit CRESS virus sp. 17489x12_563
  • Spezies Felismacovirus porci6 mit CRESS virus sp. 17489x27_1313
  • Spezies Felismacovirus porci7 mit CRESS virus sp. 17668x7_933
  • Spezies Felismacovirus porci8 mit CRESS virus sp. 17489x57_911
  • Spezies Felismacovirus porci9 mit CRESS virus sp. 17489x90_2227
  • Spezies Felismacovirus porci10 mit CRESS virus sp. 17668x34_1256
  • Spezies Felismacovirus ratas1 mit Rat associated smacovirus 22084x8_1043
  • Spezies Felismacovirus vulpe1 mit Vulpes vulpes-associated smacovirus SMCO22

• Gattung Huchismacovirus
  • Spezies Huchismacovirus chicas1 (früher Chicken associated huchismacovirus 1) mit Chicken associated smacovirus RS/BR/2015/2
  • Spezies Huchismacovirus chicas2 (früher Chicken associated huchismacovirus 2) mit Chicken associated smacovirus RS/BR/2015/3
  • Spezies Huchismacovirus humas1 (früher Human associated huchismacovirus 1) mit Human smacovirus 1 Oregon/6/2011/GottageGrove/5A1
  • Spezies Huchismacovirus humas2 (früher Human associated huchismacovirus 2) mit Human smacovirus 1 France/8/2008/2444
  • Spezies Huchismacovirus humas3 (früher Human associated huchismacovirus 3) mit Human smacovirus 1 France/1/2009/3664

• Gattung Inpeasmacovirus (abgetrennt von Porprismacovirus)
  • Spezies Inpeasmacovirus avias1 mit Smacoviridae sp. wbp226sma1
  • Spezies Inpeasmacovirus humas1 mit Human associated porprismacovirus, Isolat 16845x3_952
  • Spezies Inpeasmacovirus peafo1 mit Smacoviridae sp. blp210cre2

• Gattung Porprismacovirus

• Gattung Simismacovirus
  • Spezies Simismacovirus malbas1 mit Chlorocebus cynosuros associated smacovirus ZM09-95
  • Spezies Simismacovirus malbas2 mit Chlorocebus cynosuros associated smacovirus ZM09-83

• Matheus A. Duarte, João M. F. Silva, Clara R. Brito, Danilo S. Teixeira, Fernando L. Melo, Bergmann M. Ribeiro, Tatsuya Nagata, Fabrício S. Campos: https://www.mdpi.com/1999-4915/11/9/803/htm Faecal Virome Analysis of Wild Animals from Brazil. In: MDPI Viruses, Band 11, Nr. 9, Special Issue Emerging Viruses: Surveillance, Prevention, Evolution and Control, 30. August 2019, S. 803; doi:10.3390/v11090803 (englisch).

1. ↑ ^{a b c d e} ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35)
2. ↑ ^{a b} Arvind Varsani, Mart Krupovic: ​Smacoviridae: a new family of animal-associated single-stranded DNA viruses. In: Virology Division News, Arch Virol, 163, 2005��2015, 23. März 2018; doi:10.1007/s00705-018-3820-z (englisch).
3. ↑ ^{a b} ICTV: Taxonomy Browser.
4. ↑ ^{a b} Rafaela S. Fontenele, Cristiano Lacorte, Natalia S. Lamas, Kara Schmidlin, Arvind Varsani, Simone G. Ribeiro: Single Stranded DNA Viruses Associated with Capybara Faeces Sampled in Brazil. In: MDPI Viruses, Band 11, Nr. 8, Special Issue Viromics: Approaches, Advances, and Applications; doi:10.3390/v11080710 (englisch).
5. ↑ ^{a b} NCBI: LC386203.
6. ↑ SIB: Smacoviridae, auf: Expasy ViralZone.
7. ↑ ICTV: Virus Metadata Resource (VMR).
8. ↑ NCBI: Papio kindae associated smacovirus (species).
9. ↑ ^{a b} Paulina D. Anindita, Michihito Sasaki, Gabriel Gonzalez, Wallaya Phongphaew, Michael Carr, Bernard M. Hang’ombe, Aaron S. Mweene, Kimihito Ito, Yasuko Orba, Hirofumi Sawa: Discovery and genetic characterization of diverse smacoviruses in Zambian non-human primates. In: Nature Sci Rep, Band 9, Nr. 5045, 8. pril 2029; doi:10.1038/s41598-019-41358-z (englisch); mit Korrektur doi:10.1038/s41598-019-44438-2. Siehe insbes. Fig. 1 und Tbl. 1.
10. ↑ NCBI: Papio cynocephalus associated smacovirus (species).
11. ↑ NCBI: LC386205.
12. ↑ NCBI: Capybara associated smacovirus 1_cap1_104.
13. ↑ ^{a b} O. Blinkova, J. Victoria, Y. Li, B. F. Keele, C. Sanz, J. B. Ndjango, M. Peeters, D. Travis, E. V. Lonsdorf, M. L. Wilson, A. E. Pusey, B. H. Hahn, E. L. Delwart: Novel circular DNA viruses in stool samples of wild-living chimpanzees. In: J. Gen. Virol. 91. Jahrgang, Nr. 1, 2010, S. 74–86, doi:10.1099/vir.0.015446-0, PMID 19759238, PMC 2887567 (freier Volltext) – (englisch). 
14. ↑ ^{a b} NCBI: Chimpanzee stool associated circular ssDNA virus (species).
15. ↑ H. K. Kim, S. J. Park, V. G. Nguyen, D. S. Song, H. J. Moon, B. K. Kang, B. K. Park: Identification of a novel single stranded circular DNA virus from bovine stool. In: J Gen Virol, 1. März 2012; doi:10.1099/vir.0.037838-0 (englisch).
16. ↑ NCBI: Porcine stool-associated circular virus (species).