Het seizoen 2005/06 van de Zaterdag Hoofdklasse C ging van start op 3 september 2005. De laatste speelronde was op 13 mei 2006. De Zaterdag Hoofdklasse C is een van de zes hoogste voetbalcompetities in Nederland uitgeoefend door amateurs.
Excelsior '31 is de regerend kampioen. De nieuwkomers zijn Go-Ahead Kampen, Flevo Boys, SVZW en Drachtster Boys; zij nemen de plaatsen van VV Nunspeet en ASV Dronten in die het jaar ervoor zijn gedegradeerd en VVOG en SDC Putten die zijn overgeplaatst naar de Zaterdag Hoofdklasse B.
ONS Sneek werd kampioen en mocht daarom met de andere Hoofdklassekampioenen strijden om het Landelijk amateurkampioenschap.
Omdat DOS Kampen als twaalfde eindigde, moesten zij het op 27 mei2006 in de nacompetitie opnemen tegen De Zuidvogels uit Huizen. De winnaar van die wedstrijd zou het volgende seizoen weer in de Hoofdklasse spelen. DOS Kampen besliste deze promotie/degradatie-wedstrijd in haar voordeel: 4-2.