Pavel Kolaja odstartoval svoji filmovou kariéru po úspěšném přijímacím řízení na FAMU v roce 1994, kde byl přijat na katedru hrané režie k naší dámské legendě Věře Chytilové, která ho zásadním způsobem ovlivnila. V té době ho oslovil i student režie Bohdan Sláma a obsadil do hlavní role vedle herečky Petry Špalkové své školní televizní inscenace Okrajové podmínky (1996).
Už Kolajův první film Jablko (1994) byl silně ovlivněn pedagogickým vedením Chytilové, odvážně a expresivně v něm odrážel typické prvky režisérčina obsahu a výrazu. Kameramanem tohoto snímku byl tehdy neméně významný kolega z katedry kamery Klaus Fuxjäger, se kterým později spolupracoval na inscenaci Mimo provoz (1996).
Zásadním dílem z toho období je bezpochyby kinematografické dílo Letecký den (1997), pojednávající o útěku hrdiny z „ruchu“ velkoměsta na periférii lodního přístaviště, kde potkává spřízněnou duši. Jedná se o extatické a podmanivé vyrovnání a osvobození se od stavu neklidného světa. Odkrývají se v něm již experimentální filmové postupy a nastupující Kolajova nová cesta budoucích filmů. V těchto letech byl mimo jiné osloven osobním setkáním s německým režisérem Wernerem Herzogem.
Pavel Kolaja katedru hrané režie dobrovolně opustil v roce 1998. V té době úzce spolupracoval se slovenským režisérem, tehdy studentem FAMU Stano Kundou, o kterém pojednává i jeho pozdější diplomová práce. S tímto autorem se přiblížil k vrcholu nové a originální duchovní cesty v kinematografii.
Kolajovo další působení se přesunulo na DAMU, a to na katedru autorské tvorby a pedagogiky pod vedením další významné osobnosti prof. Ivana Vyskočila. Zde několik let studoval a účastnil se na výzkumu Dialogického jednání, který ho, jak sám říká, zcela proměnil a napřímil. Rok zde při tomto předmětu působil jako Vyskočilův asistent. Sedmiletý pobyt na této katedře Kolaja zúročil osobitým Vyskočilovým portrétem Krajina osudu (2009), za který získal hlavní cenu na Festivalu českých filmu Finále Plzeň (2010).
Mezi tím již studoval Katedru střihové skladby (2000–2005) pod vedením další ženské osobnosti českého filmu Drahomíry Vihanové. Tento obor absolvoval s autorským hraným filmem Probuzení (2003).
Později také Pavel Kolaja působil jako pedagog režie a střihové skladby na Filmové škole ve Zlíně, a následně začal pracovat jako profesionální filmový střihač.
Poslední Kolajova profesní práce je ověnčena vítězstvím na MFF v Karlových Varech filmem Křižáček (2017) a předtím účasti na Berlinále s debutem od stejného autora Osmdesát dopisů (2010) režiséra Václava Kadrnky. Zde se naplno projevuje Kolajův citlivý duchovní přístup a kinematografický um.
Radim Valak