FAM188A

FAM188A
Identifikatori
Aliasi	MINDY3
Vanjski ID-jevi	OMIM: 611649 MGI: 1914210 HomoloGene: 11478 GeneCards: MINDY3
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 10 (čovjek)
Kraj	15,860,507 bp
Lokacija gena (miš)
Hrom.	Hromosom 2 (miš)
Kraj	12,419,470 bp
Ontologija gena
Molekularna funkcija	• GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine; • cysteine-type carboxypeptidase activity; • thiol-dependent deubiquitinase; • Lys48-specific deubiquitinase activity; • GO:0070122 peptidase activity; • cysteine-type peptidase activity; • hydrolase activity;
Ćelijska komponenta	• Jedarna membrana; • jedro; • nukleoplazma;
Biološki proces	• GO:0097285 apoptoza; • protein K48-linked deubiquitination; • Proteoliza;
	Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
	80013
	66960
	ENSG00000148481
	ENSMUSG00000026767
	Q9H8M7
	Q9CV28
	NM_024948; NM_001318330
	NM_024185
	NP_001305259; NP_079224
NP_077147; NP_001342464; NP_001342465; NP_001342466; NP_001342467;
	NP_001342468
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek	Pogledaj/uredi – miš

Fam188a jest ljudski protein sa sličnošću sekvence 188a, poznat i kao Derp5 (Dermni papilski irzvedeni protein 5) c10orf97, ili moždani my042 protein.

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 445 aminokiselina, а molekulska težina 49.725 Da.^[5]

10	20	30	40	50
MSELTKELME	LVWGTKSSPG	LSDTIFCRWT	QGFVFSESEG	SALEQFEGGP
CAVIAPVQAF	LLKKLLFSSE	KSSWRDCSEE	EQKELLCHTL	CDILESACCD
HSGSYCLVSW	LRGKTTEETA	SISGSPAESS	CQVEHSSALA	VEELGFERFH
ALIQKRSFRS	LPELKDAVLD	QYSMWGNKFG	VLLFLYSVLL	TKGIENIKNE
IEDASEPLID	PVYGHGSQSL	INLLLTGHAV	SNVWDGDREC	SGMKLLGIHE
QAAVGFLTLM	EALRYCKVGS	YLKSPKFPIW	IVGSETHLTV	FFAKDMALVA
PEAPSEQARR	VFQTYDPEDN	GFIPDSLLED	VMKALDLVSD	PEYINLMKNK
LDPEGLGIIL	LGPFLQEFFP	DQGSSGPESF	TVYHYNGLKQ	SNYNEKVMYV
EGTAVVMGFE	DPMLQTDDTP	IKRCLQTKWP	YIELLWTTDR	SPSLN

C: Cistein

D: Asparaginska kiselina

E: Glutaminska kiselina

F: Fenilalanin

G: Glicin

H: Histidin

I: Izoleucin

K: Lizin

L: Leucin

M: Metionin

N: Asparagin

P: Prolin

Q: Glutamin

R: Arginin

S: Serin

T: Treonin

V: Valin

W: Triptofan

Y: Tirozin

Gen

Fam188a je kodiran genom Derp5 sa kratkog kraka hromosoma 10 p13.^[6]^[7] Fam188a and its paralogs in other species are all members of the DUF4205 superfamily of protein domains. Fam188a is a highly conserved gene found in all vertebrates. Fam188a is a gene expressed throughout the body.^[8]

Predviđena struktura proteina Fam188a using I-TASSER

Homologija

Sve upoređene vrste sisara imaju 95-99% homologne sličnost sa Fam188a Homo sapiens. Uzroci za to nisu poznati, ali se može zaključiti da Fam188a mora imati važnu ulogu u pravilnoj ćelijskoj funkciji sisara, jer čak i male promjene s vremenom u važnim genima mogu drastično promijeniti njihovu funkciju.

Evolucijsko poređenje Fam188a-a različitih vrsta

Ptice, ribe i insekti također imaju sličnost u rasponu 30-40% s Fam188a Homo sapiens. Iako postoji nekoliko stotina miliona godina odstupanja od ljudi i insekata, činjenica da još uvijek postoji 40% sličnosti kod insekata čini se da sugerira da se ovaj gen nije toliko promijenio tokom tako dugog vremenskog perioda, i odavno su bili važni i za druge vrste. Obrasci prerade kod ovih drugih vrsta nisu poznati, ali kod ljudi postoji najmanje 19 različitih izoformi, ali sa samo jednim glavnim paralogom: Fam188b.^[9] Ovaj paralog se strukturno razlikuje u tri egzona od Fam188a.

Filogenetsko stablo raznih vrsta sa homolozima Fam188a.
Intron/egzonaka mapa Fam188a kod Homo sapiens

Protein

Fam188a je lanac od 445 aminokiselina. Strukturno, ne ispoljava mnogo zanimljivih regija koje bi ga lahko mogle odvojiti od drugih proteina. Fam188a nema transmembranske domene, nema ponavljajućih sekvenci

Predviđena postranslacijska sekundarna struktura proteina Fam18
Predviđena mjesta vezanja transkripcijskih faktora Fam188a

Funkcija i ineraktivni proteini

I-TASSER-ski^[10] rezultati savijanja proteina pokazuju da proteinski proizvod Fam188a ima sličnu strukturu kao 1CFF,^[11]peptidno vezujuči kalmodulin. Kalmodulin je također uključen u ćelijsku apoptozu, pa to može rasvijetliti i teorijsku funkciju Fam188a.

Savijanje proteina je funkcionalno najsličnije 3LEW,^[12] “SusD-olikom ugljikohidratnom veznom proteinu Bacteroides vulgatus” (Joint Center for Structural Genomics). 3LEW dijeli 90% sličnosti s Fam188a, i iako to nije dovoljno za stvaranje konkretne veze, dovoljno je uspostaviti osnovnu ideju o povezanim strukturama. Još jedan funkcionalno sličan protein (81%) je 3SNX, "navodni protein sličan SusD-u, koji se vezuje za ugljikohidrate iz" "Bacteroides thetaiotaomicron" "VPI-5482".^[13] Može se pretpostaviti da funkcija Fam188a ima ulogu u apoptozi ćelija, i to zato što dijeli strukturne sličnosti s drugim proteinima koji su uključeni u ovaj proces. Iako ne postoji CARD domen koji bi se normalno nalazio u apoptotskom peptidu, fam188a dijeli sličnu funkciju s 1cffA, "peptidom koji veže kalmodulinske Ca2+ pumpe".^[11] Budući da je poznato da kalmodulin izazaziva apoptozu u različitim tkivima putem Ca2+ pumpe ^[14]^[15] i 1cffA dijeli 26% sličnosti s Fam188a, mže se pretpostaviti da je apoptoza uistinu funkcija Fam188a. Druge molekule slične Fam188a su 1linA,^[16] i 1qx7M, koje imaju 23% i 18% strukturne sličnosti, a obje ove molekule djeluju ili sa Ca2+ pumpom ili ekspresijom kalmodulina.

Tkivna ekspresija Fam188a u različitim tjelesnim organima
Ekspresija lokacija Fam188a u ljudskom mozgu
Mikrozraci ljudskog Fam188a

Reference

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000148481 - Ensembl, maj 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000026767 - Ensembl, maj 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "UniProt, Q9H8M7". Pristupljeno 1. 9. 2021.
^ GeneCard za fam188a
^ HomoloGene: 11478
^ "Fam188a datasheet" (PDF).
^ FAM188B GeneCard za FAM188B
^ Roy A, Kucukural A, Zhang Y (2010). "I-TASSER: a unified platform for automated protein structure and function prediction". Nature Protocols. 5 (4): 725–38. doi:10.1038/nprot.2010.5. PMC 2849174. PMID 20360767.
^ ^a ^b PDB 1CFF; Elshorst B, Hennig M, Försterling H, Diener A, Maurer M, Schulte P, Schwalbe H, Griesinger C, Krebs J, Schmid H, Vorherr T, Carafoli E (1999). "NMR solution structure of a complex of calmodulin with a binding peptide of the Ca2+ pump". Biochemistry. 38 (38): 12320–32. doi:10.1021/bi9908235. PMID 10493800.
^ PDB 3lew
^ 3snx
^ Yu W, Niwa T, Miura Y, Horio F, Teradaira S, Ribar TJ, Means AR, Hasegawa Y, Senda T, Niki I (2002). "Calmodulin overexpression causes Ca(2+)-dependent apoptosis of pancreatic beta cells, which can be prevented by inhibition of nitric oxide synthase". Laboratory Investigation. 82 (9): 1229–39. doi:10.1097/01.lab.0000027921.01548.c5. PMID 12218084.
^ Ui-Tei K, Nagano M, Sato S, Miyata Y (2000). "Calmodulin-dependent and -independent apoptosis in cell of a Drosophila neuronal cell line". Apoptosis. 5 (2): 133–40. doi:10.1023/A:1009676528805. PMID 11232241. S2CID 33324141.
^ PDB 1lin; Vandonselaar M, Hickie RA, Quail JW, Delbaere LT (1994). "Trifluoperazine-induced conformational change in Ca(2+)-calmodulin". Nature Structural Biology. 1 (11): 795–801. doi:10.1038/nsb1194-795. PMID 7634090. S2CID 13431074.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000148481 - Ensembl, maj 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000026767 - Ensembl, maj 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[UniProt-5] "UniProt, Q9H8M7". Pristupljeno 1. 9. 2021.

[6] GeneCard za fam188a

[7] HomoloGene: 11478

[8] "Fam188a datasheet" (PDF).

[9] FAM188B GeneCard za FAM188B

[pmid20360767-10] Roy A, Kucukural A, Zhang Y (2010). "I-TASSER: a unified platform for automated protein structure and function prediction". Nature Protocols. 5 (4): 725–38. doi:10.1038/nprot.2010.5. PMC 2849174. PMID 20360767.

[pmid10493800-11] PDB 1CFF; Elshorst B, Hennig M, Försterling H, Diener A, Maurer M, Schulte P, Schwalbe H, Griesinger C, Krebs J, Schmid H, Vorherr T, Carafoli E (1999). "NMR solution structure of a complex of calmodulin with a binding peptide of the Ca2+ pump". Biochemistry. 38 (38): 12320–32. doi:10.1021/bi9908235. PMID 10493800.

[12] PDB 3lew

[13] 3snx

[pmid12218084-14] Yu W, Niwa T, Miura Y, Horio F, Teradaira S, Ribar TJ, Means AR, Hasegawa Y, Senda T, Niki I (2002). "Calmodulin overexpression causes Ca(2+)-dependent apoptosis of pancreatic beta cells, which can be prevented by inhibition of nitric oxide synthase". Laboratory Investigation. 82 (9): 1229–39. doi:10.1097/01.lab.0000027921.01548.c5. PMID 12218084.

[pmid11232241-15] Ui-Tei K, Nagano M, Sato S, Miyata Y (2000). "Calmodulin-dependent and -independent apoptosis in cell of a Drosophila neuronal cell line". Apoptosis. 5 (2): 133–40. doi:10.1023/A:1009676528805. PMID 11232241. S2CID 33324141.

[pmid7634090-16] PDB 1lin; Vandonselaar M, Hickie RA, Quail JW, Delbaere LT (1994). "Trifluoperazine-induced conformational change in Ca(2+)-calmodulin". Nature Structural Biology. 1 (11): 795–801. doi:10.1038/nsb1194-795. PMID 7634090. S2CID 13431074.

[1]