InterPro
| URL | http://www.ebi.ac.uk/interpro/ i https://www.ebi.ac.uk/interpro/  |
|---|---|
| Tipus | base de dades biològica |
| Tema | biologia |
| Part de | ELIXIR EMBL-EBI Node (en)  |
| Mantenidor | European Bioinformatics Institute |
| Estat | Regne Unit |
InterPro és una plataforma amb accés a base de dades de famílies, dominis i llocs funcionals de proteïnes on les característiques identificables trobades en proteïnes conegudes poden ser aplicades a noves seqüències de proteïnes.
Va ser creada el 1999 després de la formació de l'interprofessional Consortium entre el grup de Swiss-Prot a l'Institut Europeu de Bioinformàtica i l'Institut Suís de Bioinformàtica i els membres fundadors de les bases de dades Pfam, PRINTS, PROSITE i ProDom. Actualment integra informació de les bases de dades PROSITE, Pfam, PRINTS, ProDom, SMART, TIGRFAMs, PIRSF, SUPERFAMILY, GENE3D i PANTHER.
La base de dades està disponible per recerques per text i basades en seqüència a través d'un servei web, i per descàrregues per FTP anònim. Inclou diversos formats de sortida com taules de text, documents XML i gràfics per facilitar l'anàlisi dels seus resultats. Igual que les altres bases de dades de l'Institut Europeu de Bioinformàtica, es troba en domini públic.
Referències
[modifica]- Mulder NJ, Apweiler R, Attwood TK, Bairoch A, Bateman A, Binns D, Bradley P, Bork P, Bucher P, Cerutti L, Copley R, Courcelle E, Das U, Durbin R, Fleischmann W, Gough J, Haft D, Harte N, Hulo N, Kahn D, Kanapin A, Krestyaninova M, Lonsdale D, Lopez R, Letunic I, Madera M, Maslen J, McDowall J, Mitchell A, Nikolskaya AN, Orchard S, Pagni M, Ponting CP, Quevillon E, Selengut J, Sigrist CJ, Silventoinen V, Studholme DJ, Vaughan R, Wu CH «InterPro, progress and status in 2005». Nucleic Acids Res., 33, Database issue, 2005, pàg. D201–5. DOI: 10.1093/nar/gki106. PMID: 15608177.
- Quevillon E, Silventoinen V, Pillai S, Harte N, Mulder N, Apweiler R, Lopez R «InterProScan: protein domains identifier». Nucleic Acids Res., 33, Web Server issue, 2005, pàg. W116–20. DOI: 10.1093/nar/gki442. PMID: 15980438.