Hernych startete 1998 seine Profi-Karriere und setzte in der Anfangszeit mit zwei ITF-Turniersiegen erste Akzente. 1999 besiegte er mit dem Spanier Albert Portas seinen ersten Top-100-Spieler. Zwei Jahre später feierte er in Tulsa seine ersten Challenger-Erfolg: Er gewann das Finale gegen Vincent Spadea mit 7:5, 7:5.
In Prag gewann er 2004 sein zweites Challenger-Turnier und nahm erstmals an Turnieren der ATP World Tour teil. Dabei errang er mehrere Achtungssiege, unter anderem gegen den damaligen Weltranglisten-Zwölften Mark Philippoussis und den Brasilianer Gustavo Kuerten. Des Weiteren spielte er in Wimbledon, schied allerdings bereits in der ersten Runde aus. Im August 2004 befand Hernych sich erstmals unter den Top 100 der Weltrangliste.
Im Jahr darauf festigte er seine Top-100-Position und verteidigte seinen Titel in Prag. Zudem zog er bei drei der vier Grand-Slam-Turniere in die zweite Runde ein, nur die US Open beendete er in der Auftaktrunde. Im April 2006 bezwang er in Valencia die damalige Nummer sechs Nikolai Dawydenko mit 7:5, 7:5, was seinen bis dato einzigen Sieg gegen einen Top-10-Spieler darstellte. Zwei Monate später feierte er mit dem Finaleinzug in das ATP-Turnier in ’s-Hertogenbosch eine weitere Premiere, verlor aber gegen Mario Ančić in drei Sätzen.
Am 27. April 2009 erreichte Hernych mit Platz 59 seine bisher beste Weltranglisten-Platzierung. Sein größter Erfolg ist das Erreichen der dritten Runde der Australian Open 2011. Er gewann als Qualifikant in der ersten Runde mit 6:3, 6:4, 3:6, 6:2 gegen Denis Istomin. Die darauffolgende Partie gegen Thomaz Bellucci entwickelte sich zum Marathon-Spiel: Erst nach 4 Stunden und 36 Minuten verwandelte Hernych seinen Matchball zum 6:2, 6:7 (11:13), 6:4, 6:7 (3:7), 8:6. In der dritten Runde verlor er schlussendlich deutlich gegen Robin Söderling.
Seit 1998 ist Hernych auch regelmäßig in Doppel-Turnieren vertreten. 2002 feierte er an der Seite von Shaun Rudman in Wolfsburg seinen ersten Challenger-Turniersieg, ein Jahr später war er zusammen mit Uros Vico in Aptos erfolgreich. 2009 gewann er als Doppelpartner von Ivo Minář das ATP-Turnier in München durch ein 6:4, 6:4 gegen die damaligen Top-30-Spieler Ashley Fisher und Jordan Kerr.
Sein letztes Profiturnier spielte Hernych im Februar 2018, wo er in der ersten Runde der Qualifikation an João Souza scheiterte.
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Tschechien
Tulsa
Trnava
Stéphane Bohli
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’s-Hertogenbosch
Mario Ančić
München
Ashley Fisher
Shaun Rudman
Filippo Messori