Nell'anno 2007-2008 ha militato in Football League One, la terza serie inglese di calcio, giungendo nona e sfiorando i play-off per l'accesso in Football League Championship, finendo la stagione con 66 punti e con ottime ambizioni per l'anno successivo.
Nell'anno 2008-2009 disputa un campionato disastroso in terza lega, giungendo ventunesima al campionato, con 49 punti, retrocedendo.
Nell'anno 2009-2010 gioca in Football League Two, con l'obiettivo della promozione diretta per tornare in terza Lega. Alla fine della stagione giunge undicesima, con 67 punti, fallendo anche l'accesso ai play-off e così rimanendo in Football League Two.
Il miglior momento di riscatto arriva nel 2012-2013: concludendo sesto, il club ha la possibilità di tornare in League One, ma viene fermato proprio nella finale, persa 3-0 contro il più quotato Bradford City.
La stagione successiva, quella 2013-2014, viene conclusa con un’insperata salvezza all'ultima giornata, rimediando ad un disastroso campionato, viste le premesse dell’anno precedente.
Nella stagione 2014-2015, con il nuovo tecnico Wilder, vengono fondate le basi per una buona squadra che, infatti, raggiunge un soddisfacente 12º posto.
L'anno successivo la squadra domina la League Two e con ben 5 giornate d'anticipo raggiunge la promozione in League One, categoria in cui il Northampton mancava da sette anni. Tuttavia il club retrocede nuovamente e nella stagione 2018-2019 e torna a militare in League Two.
Nella stagione 2019-2020 la squadra, allenata dalla passata stagione da Keith Curle, riesce nuovamente a raggiungere la Football League One superando ai playoff l'Exeter City con un roboante 0-4. Il club subisce poi una nuova retrocessione in quarta divisione, per poi piazzarsi terzo in classifica nella Football League Two 2022-2023, tornando così in terza divisione.